یکی از مهمترین اقدامات طرح تحول نظام آموزش علوم پزشکی کشور اجرای اعتباربخشی برنامه های آموزشی علوم پزشکی است.
مسئولان و اعضای کمیته ارزیابی درونی اعتباربخشی رشته / دانشکده های علوم پزشکی باید قبل از شروع ارزیابی درونی، نسبت به مطالعه دقیق آیین نامه اعتباربخشی،
استانداردهای ملی، برنامه و آیین نامه جدید آموزشی، فرآیند اعتباربخشی و راهنمای سامانه اعتباربخشی اقدام نموده و اشراف کاملی نسبت به آنها پیدا کرده باشند.
ارزیابی درونی عبارت است از بررسی میزان رعایت کمی و کیفی استانداردهای ملی دوره در دانشکده توسط مسئولان اجرایی و اعضای کمیته اعتباربخشی دانشکده و اعلام نتایج آن بصورت نقاط قوت و نقاط ضعف و ارائه راهکارها و اقدامات دانشکده برای تقویت نقاط قوت و رفع نقاط ضعف با هدف اصلاح و بهبود فرآیند دوره آموزشی در دانشکده.
ارزیابی درونی، شرایطی را فراهم می سازد تا کمیت و کیفیت اجرای دوره آموزشی در دانشکده بر اساس استانداردهای ملی به درستی به تصویرکشیده شده و تلاش مسئولان را در راستای برنامه ریزی و اجرای روش های مفید برای تضمین و بهبود کیفیت تسهیل نماید. ارزیابی درونی باید جامع و دقیق بوده و تمام حوزههای استانداردهای ملی دوره را پوشش داده ومبتنی بر شواهد و مستندات قابل ارائه باشد. ارزیابی درونی کامل، مستلزم تلاش دسته جمعی تمامی مدیران، اعضای هیأت علمی، کارکنان و دانشجویان خواهد بود.